عیسی صدیق در ۲۸ خرداد ۱۲۷۳ ش. در تهران زاده شد. پدرش عبدالله صدیق التجار بازرگان و به باورهای دینی سخت پایبند بود. مادرش خدیجه، فرزند میرزا محمد جعفر مجتهد نیز بانویی پارسا و دیندار بود. هر دو آنها می‌خواستند فرزندشان از کارهای دیوانی پرهیز کند و پس از آموختن زبان عربی و آشنایی با اصول فقه، کار پدر را پی‌گیرد و بازرگان شود.
در سال ۱۲۹۰ ش. هنگامی که صدیق در کلاس سوم دارالفنون درس می‌خواند. دولت، قانونی گذراند که بنا بر آن ۳۰ نفر دانشجو برای آموختن رشته‌های آموزگاری، نظامی، کشاورزی، مهندسی، حرفه و صنعت و شیمی به خارج از ایران فرستاده می‌شدند. عیسی صدیق نیز در این آزمون اعزام دانشجو پذیرفته شد و با اینکه پدرش سخت مخالف رفتن او به اروپا بود، همراه دیگر دانشجویان راهی اروپا شد و برای گذراندن دورهٔ آموزگاری به دانشسرای ورسای فرانسه رفت.
در پایان تابستان سال ۱۹۱۵ م. نمایندگان دولت ایران به پاریس رفتند تا زمینهٔ بازگشت دانشجویان ایرانی را فراهم کنند. زیرا دولت ایران دیگر توانایی پرداخت هزینهٔ آموزشی آنها را نداشت. عیسی صدیق به پشتوانهٔ یاری وزیرمختار ایران در پاریس، به ایران بازنگشت و درس خواندن را ادامه داد. در سال ۱۹۱۶ م. از دانشگاه پاریس گواهینامهٔ پایان دورهٔ آموزش ریاضیات عالی گرفت.
در سال ۱۲۹۷ ش. در شهر تبریز با محمدحسن میرزا ولیعهد احمدشاه دیدار کرد. ولیعهد در مدتی که او در تبریز به سر می‌برد، دربارهٔ کارها و وظایف خود با صدیق مشورت می‌کرد. سرانجام عیسی صدیق در همان سال به تهران رسید و از سوی وزارت معارف بازرس ویژهٔ مدرسه‌های متوسطه و عالی شد. در همین سال پیشنهاد کرد ادارهٔ بازرسی وزارت معارف مجلهٔ "اصول تعلیمات" را منتشر کند که بعدها نام آن به "فروغ تربیت" و سپس مجله "تعلیم و تربیت" و در سال‌های پایانی انتشار به مجله "آموزش و پرورش" تغییر یافت.
در سال ۱۳۰۹ به فراخوان دانشگاه کلمبیا، برای پژوهش در فرهنگ و آموزش و پرورش امریکا به آنجا رفت و از دانشگاه کلمبیا دکترای فلسفه گرفت. صدیق از سوی دولت ایران مأمور شد برای پایه‌گذاری دانشگاه تهران برنامه‌ریزی کند. او تا سال ۱۳۱۹ رییس و استاد دانشسرای عالی، دانشکدهٔ ادبیات و دانشکدهٔ علوم بود. شش‌بار در دولت‌های گوناگون وقت، وزیر فرهنگ شد، از جمله در سال‌های ۱۳۲۰ در کابینهٔ محمدعلی فروغی، در سال ۱۳۲۳ در کابینهٔ بیات و در سال‌های ۱۳۲۴ و ۱۳۲۹ در دو کابینهٔ قوام‌السلطنه.
به پیشنهاد وی مدرسه تجارت در دوران نخست‌وزیری ذکا' الملک فروغی بنیان گذاشته شد. صدیق دانشسرای مقدماتی را شبانه‌روزی کرد. کارهای دستی را در برنامهٔ رسمی مدرسه‌های پسران و دختران قرار داد و از کارگزاران دولت خواست در ماه‌های پرکار کشاورزی در روستاها، دانش‌آموزان صبح‌ها در مدرسه درس بخوانند و پس از نیمروز در کار کشاورزی به خانواده خود یاری دهند.
در دوره‌ای که ریاست تعلیمات عالیه را بر عهده داشت دستور داد تمام مدارس خارجی، فارسی و تاریخ و جغرافیای ایران را آموزش دهند. او ۱۳ مدرسهٔ فنی در تهران به راه انداخت. در سال ۱۳۲۸ نمایندهٔ مجلس موسسان بود و در دورهٔ اول و دوم مجلس سنا به نمایندگی گمارده شد.
عیسی صدیق مدیر داخلی روزنامهٔ "مرد آزاد" بود که امتیاز آن را علی‌اکبر داور داشت. پس از بنیان‌گذاری حزب رادیکال به رهبری علی اکبر داور، با او در این حزب نیز همکاری می‌کرد. او در چندین انجمن و شورا عضو بود یا در بنیان نهادن آنها شرکت داشت، از جمله در فرهنگستان ایران، انجمن آثار ملی، شورای عالی سازمان حفاظت آثار باستانی، شورای عالی فرهنگ، شورای فرهنگی سلطنتی، جمعیت شیر و خورشید سرخ، سازمان پرورش افکار، انجمن ملی حمایت کودکان. عیسی صدیق در اجرای روش‌های نو آموزشی در دانشسرای عالی کامیاب شد.
وی در آذرماه سال ۱۳۵۷ در تهران درگذشت.
